Öğrenci İşleri Daire Başkanlığı, bünyesinde bulunan Kayıt İşleri Şube Müdürlüğü, Öğrenci İşleri Koordinasyon Şube Müdürlüğü, Hazırlık Programı ve Yaz Okulu Şube Müdürlüğü, Lisansüstü Programları Şube Müdürlüğü, Lisans Programları-1 Şube Müdürlüğü, Lisans Programları-2 Şube Müdürlüğü, Mezun ve Arşiv Şube Müdürlüğü ile Boğaziçi Güney Kampüsü Genel İdare binasında hizmet vermektedir. Üniversitemize bağlı 7 Fakülte, 8 Enstitü ve 1 Yüksekokul bulunmakta olup, lisans ve lisansüstü tüm öğrenci işlemleri merkezi olarak Öğrenci İşleri Daire Başkanlığı tarafından yürütülmektedir.